内部通報制度は、トップが不正を指示したり隠蔽したりしてる状況では役に立たない。

内部通報先がどこなのか分かってればんな間抜けな事は言わんでしょうが。

公益通報制度もその先のトップは内閣です。内閣への忖度の為に、組織の長が答弁を行って、それの辻褄合わせに文書改ざんとかやるんだから、こんなもんリーク以外に告発無理でしょ。
逆らえば、難癖つけて詐欺罪だとか、講演会主催したところに介入だとか、際限なく追い込みかけられるし、お墨付きまで惜しみなく出される訳で。