マフィンが糸引いてたという事で、多分枯草菌関連なのですが、納豆菌も枯草菌の一種です。ロープ現象といい、原因菌をロープ菌と呼んだりします。
原因は多分水分の抜けが悪かったからでしょう。
参考までに。
https://www.asama-chemical.co.jp/PN/P192.PDF
わりと酢酸添加みたいなのは聞きますね。その分風味が犠牲になったりはします。アルコールとかも同じような感じですね。風味に影響を与えにくい防腐剤というのは色々研究されてはいます。
砂糖云々に関しては多分水分関連だと思います。砂糖は結構水分を取る作用があるので水分が減る感じかなと。ただ、効果は微妙です。水気取るだけなんで。
しっとり感の不足を油分で補うとかの工夫もあるかと思います。
「急速に冷ます」とかもありですかね。繁殖しやすい温度な時間帯を出来るだけ時間をかけずに通すのも重要で、その際に気化熱とかも使うとより冷めるかと思います。
見た感じ、湿気が抜ける前にラップしてしまったのが大きな原因のよう。
なお、こういうものの場合、「真空」は現実不可能（潰れます）。ほぼ乾燥させるところだと思います。
この手の菌は本当に強い為、パン職人も納豆食わないそうです。
